Dentro deste princípio, uma das linhas de ação desta entidade é a certificação de produtos orgânicos. Para dar andamento a esta frente de atividades foi criado em 2001, o Departamento de Certificação de Produtos Orgânicos e Naturais, atualmente, desenvolvendo atividades no Nordeste (Ceará e Bahia), Centro-Oeste (Brasília) e Sudeste (São Paulo). Este Departamento vem certificando a produção de alimentos saudáveis com a utilização de técnicas que potencializam a biodiversidade, a conservação ambiental incluindo a sustentabilidade social.

O Departamento é formado por uma equipe de especialistas de reconhecido saber. Desde 2001, vem realizando ações de certificação dentro dos procedimentos formais e legais para esta atividade. Os resultados se apresentam promissores e indicam benefícios para a sociedade em geral e ao meio ambiente, uma vez que a metodologia adotada pela Novo Encanto considera a propriedade produtiva como um todo e busca um relacionamento harmônico entre o agricultor e o meio ambiente. As propriedades certificadas vêm apresentando uma significativa melhoria na utilização e disponibilidade de recursos naturais, aumento da biodiversidade, preservação dos recursos hídricos, eliminação os riscos à saúde e dando condições de sustentabilidade do homem no campo.